False-negative result in molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in samples with amplification inhibitors

Conclusion: Knowing the rRT-PCR standards of diluted samples can assist in the identification of false-negative cases and, consequently, avoid incorrect diagnosis.RESUMEN Introducci ón: Aunque la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa en tiempo real (rRT-PCR) sea el método de referencia para detección del coronavirus tipo 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Sars-CoV-2), algunos factores como la presencia de inhibidores de amplificación conduce n a resultados falsos negativos. Objetivo: Describimos las diferencias entre los resultados de rRT-PCR para infección por Sars-CoV-2 en muestras normales y diluidas, simulando la necesidad de dilución debido a la presencia de inhibidores de amplificación. Material y método: La extracción de ácido ribonucleico (ARN) viral de muestras de hisopos nasofaríngeos de 20 pacientes previamente detectados como “ negativos ” y 21 pacientes detectados como “ positivos ” para Sars-CoV-2 se realiz ó con el kit Easy Extract DNA-RNA (Interprise®). La rRT-PCR se realizó con el kit OneStep/Covid-19 (IBMP), con muestras normales y diluidas (80 µl de H2O libre de ARNasa), totalizando 82 pruebas. Resultados: Los resultados indican que hay una variación media (a< 0,05) retrasando el ciclo de cuantificaci ón (Cq) entre los resultados de amplificación del control interno (CI), gen N (GN) y ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq y 3,842 Cq. Discusión: El kit de extracción no purifica completa...
Source: Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial - Category: Pathology Source Type: research